Pues me puse a trabajar en mi respuesta pero en el transcurso se perdió el post has el día de hoy.

En primer lugar la famosa empresa independiente no es tan independiente prácticamente vive de los estudios que le encarga Microsoft y diseña todos sus estudios en base a lo que Microsoft solicita y no a estándares de la industria.

«Teleflora, proveedor líder de servicios tecnológicos a las floristerías, ha realizado un estudio de dos años de duración sobre la diversa oferta de Linux y de IBM Linux. Citando la escalabilidad y una mayor fiabilidad, Teleflora reescribió la totalidad de la aplicación mediante herramientas .NET implantadas en la plataforma Windows.»

Mala posición, es más que conocido que cuando se desarrolla aplicaciones se debe tomar en cuenta la posible migración a otras plataformas y la utilización de estándares de la industria, por esta razón, migrar aplicaciones a una plataforma tan cerrada como .NET es desde mi punto de vista una mala solución ya que en este caso Teleflora se ha atado a un solo proveedor, esto sin tomar en cuenta que el tiempo de vida de .NET es corto tal como ocurrió con Visual.
Si se desarrolla en Java por ejemplo no se tiene este problema ya que se puede ser completamente independiente de la plataforma y no estoy amarrado a un solo proveedor.

«La plataforma Windows se mostró más fiable a medida que las necesidades cambian con el tiempo. Los administradores de Linux tardaron un 68% más en implantar nuevos requisitos empresariales que sus adversarios. La solución SLES de Novell sufrió 14 fallos críticos mientras que la solución Windows Server no sufrió ninguno. La solución SLES de Novell necesitó de 4,79 veces más parches.»

Primero, Linux es fiable a medida que las necesidades cambian con el tiempo, por lo que quisiera se me explique a que se refiere con esto ya que no tiene ningún sentido, si un sistema es fiable las necesidades no tienen porque influir, son solo eso, necesidades.
Es verdad que el tiempo necesario para la implementación de Linux es superior, pero solo en el caso de que no exista una certificación de los productos, es decir, que si se quiere implementar Oracle que es un producto certificado me toma el mismo tiempo en Windows que en Linux, pero si quiero implementar algo que no esté soportado va tomar más tiempo, pero con la seguridad y estabilidad que tiene Linux.
Y sobre este aspecto hay que tomar en cuenta que si bien es cierto en Windows es mucho más sencillo instalar aplicaciones, por lo general son mas vulnerables por que la configuración son basadas en patrones que no funcionan en todas las empresas.
¿Novell sufrió 14 fallos? ¿Cuales? ¿Porque??
Windows no sufrió ningún fallo ¿Bajo que circunstancias???

Suse necesitó de 4,79 veces más parches, por supuesto ahí esta la seguridad de Linux, porque cada día mejora su producto mientras que MS solo lo mejora cuando ya pasó una catástrofe, es decir son reactivos no proactivos. La cantidad de parches es sinónimo de seguridad, no de inseguridad, imaginemos la cantidad de fallas de seguridad que presenta MS que aún no se ha parchado, y por ahí existe alguien con suficiente conocimiento y motivación como para buscar esa falla.

«Sin embargo, la fiabilidad de un sólo componente, aún tratándose de uno tan esencial como el núcleo del sistema operativo, raramente es la fuente de las molestias.»

Por favor la parte vital de un sistema operativo es el núcleo, el kernel, el corazón, y las fallas de seguridad en su mayoría son al núcleo y no son ataques a aplicaciones. A quien se le puede ocurrir decir que los ataques no se los realiza al kernel, para mí sería el mayor reto.

«Security Innovation diseñó este estudio para poder reproducirlo, y creemos que los resultados son coherentes con las experiencias de los usuarios en el mundo real.»

Es muy claro yo puedo diseñar un estudio y sacar los resultados que deseo, existen pruebas o estudios estándares basados en lo que es importante en un sistema operativo que se los aplica a cualquier sistema operativo. Estos estudios o certificaciones estándares por lo general Windows no las pasa, por eso, la necesidad de estos estudios con instituciones “independientes”.

«Una de las cosas que nos encanta de la solución de Microsoft es que nos permite implantar un completo conjunto de soluciones integradas. Actualmente, con las soluciones de Linux y SCO tenemos que acoplar y ajustar los componentes.»
La flexibilidad de Linux es una de sus ventajas, y si hablamos de soluciones integradas, Linux tiene un conjunto de soluciones integradas que vienen con el sistema operativo, porque no se menciona el costo de integrar todas estas soluciones en Windows, mientras que en Linux es mucho inferior.

«A pesar de lo que se dice de que Linux es capaz de lograr mayores volúmenes de transacción, estamos gestionando toda nuestra cartera de clientes web en Windows Server 2003 y disponemos de los mayores niveles de servicio posibles en términos de fiabilidad.»

Me imagino que los Administradores de Sistemas de estas empresas no saben que los servidores mas potentes del mundo corren en Linux y el gran ausente de esta lista es Windows, es decir que en todo el mundo no hay ninguna empresa respetable o institución que elija Windows para obtener verdaderos resultados.

En conclusión, estos estudios “auspiciados” siempre son pagados por lo tanto no son imparciales es preferible tener estudios independientes de organizaciones que manejan estándares. Y si Microsoft está tan seguro de su SO la gente ya lo estaría utilizando masivamente en servidores de misión critica y no en unas pocas máquinas con casos de éxitos ínfimos.
Si todo esto fuera cierto no dudo que los estudios realizados para la implementación de la infraestructura de Google y Amazon están completamente errados, éstas, son dos empresas que en realidad tienen un manejo considerable de información y toman en cuenta muchos aspectos no solo la facilidad, sino la seguridad, estabilidad y en último lugar se encuentran los costos.
Si evaluamos la facilidad Windows es más fácil pero la pregunta es:

¿Quiero un sistema operativo fácil o un sistema seguro? A este nivel la facilidad no es un aspecto a tomar en cuenta.